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觉的吊床，他将在这里整理标本、绘图、观察。舰长又派给他一个叫科文顿的仆人。这人以后给他猎取鸟兽，制作标本，成了一名重要助手。贝格尔鉴的环球线路是，出英吉利海峡，进大西洋，贴着南美洲东岸下形绕过合恩角，再北上进太平洋，去澳大利亚后进入印度洋，绕过非洲的好望角，再次进入大西洋，返回英国。它们一登上南美洲大陆，热带雨林中的动植物立即以它们特有的魅力和无穷的奥秘紧紧将他们吸引，这天达尔文和科文顿正在林中披荆斩棘，艰难前行，忽觉得头上有什么东西闪闪发光。一抬头是一片蜘蛛网，这网也特殊，蛛丝比一般要粗，要亮，像一根根钢丝紧绷在树枝间，一个瓶盖大的蜘蛛正在紧张地吐丝工作。达尔文正有兴趣的看着，科文顿忽然说：“快看！”他顺手势一转头，不绝哎呀一声。原来头上的整片林子都已结成一张大网，那亮晶晶的蛛丝东来西去，四通八达。一个快有手掌大的蜘蛛雄踞中间。各处又有许多小蜘蛛分兵把守，有的在吐丝修补被风吹断的网子，有的在闭目假寐，专等猎物落网。这时一只黄蜂飞来，它的翅膀不慎触在一根蛛丝上，也只这一触便厄运难逃，越是挣扎，越陷在网里不能起飞，这时那只假寐的蜘蛛早圆睁双目，怒冲冲地扑来。只见它口中喷出一点亮光——先黏在黄蜂身上，然后就拉着这根丝围着它绕圈，三转两转早把那只黄蜂捆得结结实实。不想，正当蜘蛛得意之时，头上又有一只黄蜂飞来，乘其不备挺起自己的刺向它猛地螫去，蜘蛛受此一击疼痛难忍，翻落网下，它知道敌人还会作第二次攻击，就忍痛爬入草丛。但黄蜂不停地做低空飞行，很快就发现了它。这黄蜂也知道蜘蛛那双毒螫肢的厉害不敢贸然下手。它先做了几个佯攻的假动作，乘蜘蛛一仰身之际，一下刺中它的胸部，蜘蛛不动了，其实它并没有死，黄蜂只是注射一点毒液让它昏迷，好死不活地留给自己的子女食用。
达尔文被这紧张战斗所吸引，早看得忘了时辰，一会儿只觉得腿上发麻，他以为缠着草藤，蹬脚甩了两下，觉得很沉低头一看，哎呀！原来是一条一握粗的长蛇，早将它的小腿缠了三圈。科文顿也看见了，拔刀跃起，就要去砍。达尔文却示意他不要动，只见这条蛇吐着又长又红的芯子，它已经发怒，嗦囊鼓得有皮球那么大。这是他在英国从未见过的品种。达尔文敏捷地将蛇的颈部一卡，那蛇气急，狂吐红芯，却不能动。他大喊：“科文顿快动手！”科文顿上前一只手将蛇身一捋，另一只手提起蛇尾，来一个“倒松井绳”，这蛇就落入他们的标本袋里。自然，刚才那双冤家——黄蜂和蜘蛛，也都让他们这两个渔翁得利收走了。他们高高兴兴向海边走去，科文顿只顾低头开路，一个毛茸茸的东西正与他撞得满怀。他吓一跳，后退三步，原来是一头长尾猴从树上倒卷下来。这猴子已经死去，但那尾巴却还有这么大的卷缠力。达尔文觉得有趣，想取下来制作标本，无奈那猴尾比蛇身卷力更大，他们只好连树枝砍下，才将这猴子取下带回。这一路他们主仆二人好生奇怪，蜘蛛会织网，黄蜂有刺，蛇有毒牙，猴子有这神奇的尾巴，他们都靠这些绝招来御敌、觅食、生存。科文顿边走，边赞美全能上帝，他怎将这个世界安排得这样好呢？他在造物时，怎么能造出许多千差万别又各有本领的物种呢？他们走出了树林，已经看见海湾里的船。科文顿将那只沉重的猴子从背上放下，达尔文也放下肩上的标本袋，他们坐在软软的沙地上小憩，达尔文仰面这一望无际的蓝天，不由地轻轻自语：“上帝呀！您创造世界的计划是多么伟大，这个工程又是多么的完善啊！”
确实，达尔文在刚出海时还坚信世界是上帝创造，世界上的各种动植物都是上帝在最初一次造好就放到地上，它们就这样永远不变地，一代一代地繁衍下来。但是大自然这本书却不比那种黑纸白字的书，你越是仔细读下去就越能发现许多从未见过的东西。1832年9月达尔文来到阿根廷中部东海岸，发现地上有许多古代陆生物化石，他十分高兴，立即和科文顿奋力挖掘起来，苦战了三个多小时，挖出了一个完整巨大的剑齿兽化石，这东西真正有趣，和现代动物比，它的躯干像大象，牙齿像兔子，眼、耳、鼻又像海牛。象、兔子、海牛现在不是属于不同的目吗？过去它们怎么会集中在一起？半天挥镐撬石早把达尔文累得上气不接下气，现在这个新难题又叫它困惑不解。他一屁股坐在土坑里，双手捧着那个奇怪头骨化石，豆粒大的汗珠顺脸颊慢慢滚下，他一动也不动像突然遭了雷击电打一样地麻木了。半天，他才仰天长叹一声：“上帝啊！请原谅我对您怀疑，难道在造物之初，物种并不是这个样子？或着这物种本来就不是您造的？”他才把最后半句话说完，不由浑身打了一个寒颤，一身热汗瞬间变成一身凉水，——啊！我这样想是不是渎犯了上帝？科文顿在一旁听见这话，就问：“达尔文先生，您说什么？”达尔文连忙说：“啊！我没有说，什么都没说。天不早了，我们赶快收拾东西回船吧。”
但是，从此这个疑团就占据了达尔文的心：“地球上新的生物第一次出现到底是什么样子？”各位读者，许多伟大科学家之成长，常常起于最初的那一段自我一问。伽利略见自由落体，一问而研究出落体规律；牛顿见频果落地，一问而终悟出万有引力；哥白尼见托勒玫体系的繁琐，一问而生成出自己的日心说；开普勒见火星轨道与观察纪录的八分误差，一问而导致发现行星运行定律。一个人质量的养成，要学会坚内而拒外，防微而杜渐，出污泥而不染，相反一个人学问的做成，则要虚怀而多求，见缝插针，追蛛丝马迹而不舍。当他遇到可疑的东西时那一扪心自问，正是已将钥匙插入了锁孔，只待一拧，再一推门，一座神秘王国就豁然展现在眼前。这达尔文自从心里暗暗起了对上帝的怀疑，在以后的考察中就处处留心，时时在意了。
又过了三年，1835年9月，达尔文随贝格尔舰来到加帕戈斯群岛。这个岛位于太平洋东部离南美洲西海岸五、六百英里，它的历史不长，是几千年前由于海底火山喷发从海水里钻出来的一块小陆地。当达尔文和科文顿背着猎枪和标本袋上岸后，他们立即感觉到这支枪实在多余，岛上的所有动物并不怕人类。这主仆二人在岛上悠闲自得随意散步，而那些鸟兽或嬉戏于前，或不舍于后，好不快乐。突然他们看到许多大龟排成长队，足有几里长，浩浩荡荡向前着，而每只海龟少说也有一百多公斤。原来这个岛上缺水，它门是前往水源地喝水的。看他们那个样子，一会儿探出头来望望前面，离泉水还远着呢，又缩回脖子，一步一寸，不慌不忙地往前挪。达尔文看得好笑便跳上龟背，这龟就如背上落了一片树叶一样，毫无负重之感还是四平八稳地前进。泉水到了，龟们不顾一切地将头栽到水里，一连喝几十口水才喘一下气。原来他们这样喝一次就可以忍受好多天乾渴，那水都保存在心包里和膀胱里。难怪当地居民遇到缺水就杀这种大龟取水呢。同样是龟，为什么这个岛上的龟就有这种特殊本领呢？难道这是上帝专门为这里专造的新种吗？可是这个倒不过才几年啊。这以前上帝不是早就将所有的物种都造好了吗？
达尔文经过仔细观察，发现岛上的物种与南美洲属同一类型。但是由于这里气候奇特，它们又很不同。它收集了岛上的生物标本，26种陆栖鸟类中，有25种是岛上特有的；15种海栖鱼类，全部是新种；25种甲虫中，只有两三种是南美也有的；185种显花植物，其中新种就有100种。看来这些新物种并不是上帝创造的，是这里特殊的气候，特殊的环境造成的，物种是可以改变的，是受自然选择的！
1836年10月20日，经过五年的海上漂泊，达尔文回到英国。这五年饱览了自然风光，过了大西洋、太平洋、印度洋三个海洋；看到热带森林中枝叶如盖、藤蔓如麻的郁茂风光；他看到地震后海中会升起一片小岛的奇景，看到了火山喷发，岩浆从天而降的奇景；他看到了如碧玉泻流的冰川，看到了如人工工艺品一样的珊瑚岛。但是更重要的，他在这各种奇景迭现的地方发现了在伦敦根本不可能发现的物种。他自己登岸不久，那些标本箱打着美洲、欧洲各城市的邮戳，也源源不断地寄到了伦敦。他五年前出门之时还是抱着对上帝的无限信仰和对自然的好奇，想去搜集一些标本。五年后他再返回国门时，已将上帝甩在脑后，而开始思索这一系列风光和标本内在的联系规律。
1839年他与自己的表姊爱玛结婚。达尔文的腑内已经是一座富矿，——那是五年环球生活中一点一滴形成的，现在他就要坐下来一点一点开采了。他将资料整理，出版了《考察日记》、《贝格尔舰航行期内的动物志》五卷、《贝格尔舰航行中的地质学》三卷。他知道自己虽收集了许多材料但专业知识还是不够。他继续和他崇拜的地质学家赖尔联系，又找到植物学家霍克合作。赖尔比他大12岁，霍克比他小8岁，但是他们却结成了一个真正的“忘年联盟”，这个联盟后来还有比达尔文小16岁的赫胥黎加入，组成了一个进化论向旧势力开战的坚强堡垒。
有了材料，有了战友，现在达尔文要做最后的冲刺了。为躲避过多的社交活动，达尔文在伦敦郊外15英里的地方买了一所房子，这就是唐恩村那座他一直住到逝世的有名住宅。
现在一反过去那种不规律的生活，他为自己安排了一套极严格的时间表。上午八时到十一时半工作，下午一时到四时工作，然后又从五时半工作到七时半，中间是散步或听爱玛朗诵小说，晚饭后听爱玛弹琴或两人下棋，十时睡觉。他说：“我的生活过得像钟表一样规律，当我生命告终的时候，我就会停在一个地方不动了。”
能迎风搏浪，到大自然中去探索，又能潜心静性，埋头在书房里研究，这实在是大学问家的风度。但是这个环境的造成，首先得感谢爱玛。达尔文共有五个男孩，两个女儿，不用说家里就如同幼稚园一般。但是爱玛规定孩子们谁都不许进父亲的书房，而且经过书房门口要像猫走路那样不能发出一点声响。达尔文本是一个极爱孩子的人，他控制自己的感情，在一天的三段工作时间里一定闭门不出，只有在吃饭时或休息时才和孩子们游戏。他每天这样或埋在书籍笔记里查找资料，或伏案疾书，每当撕下一张稿纸，听见那“嚓”的一声，便感到极大的安慰。由于五年的海上生活或许还有遗传的原因，现在他的身体很不好，头晕，失眠，呕吐，有时一天也写不了几页。但精神一好就赶快工作。那潦草的初稿丛书房里一页一页地递出来，爱玛就伏在会客室的那张大写字台上为他誊清。
这天达尔文正这样拼命写作，忽然听见几下低低的敲门声，不像是外面来的客人，因为如果赖尔或霍克他们到了，爱玛一定会先招待的。他捶了捶发酸的后背起身去开门，门缝里显出一个瘦小的身影，原来是四岁的小儿子弗朗西斯。只见他怯生生地伸出一只又黑又脏的手，手里有四个便士，鼓着腮帮子也不说话。孩子来书房是犯禁的，但达尔文一见儿子这样子也就心软了，而且“执法官”爱玛也正好不在跟前。父亲弯下腰问到：
“小弗朗西斯，你上门来有什么大事吗？”
“我每天早晨一醒来就不见爸爸，所以就想来看看您。”
一股父子柔情突然袭上达尔文心头，他探身摸摸儿子红红的脸蛋，又捏着他的小手说：“那你拿这四个便士干什么呢？”弗朗西斯小声地说：
“我怕爸爸不让我进来，就向姊姊要了……。”
可爱的儿子原来是要用这四个便士买爸爸的一点时间啊。达尔文禁不住热泪夺眶而出，他一把抱起儿子，在他小脸上狂吻着，泪水滴在儿子脸色上，又被他的胡子擦成一片。他觉得自己的内心受到深深的一击，好像被打穿了一个洞那样疼。他自语着：“我真不够做个父亲，我对不起你们啊！孩子，走，今天爸爸不写了，这一天的时间全是你的，我们到花园去捉蝴蝶，挖蚯蚓去。”
他抱着孩子走出房门。弗朗西斯难得有个撒娇的机会，他紧搂着父亲的肩膀不肯下身，小嘴紧紧地吸在父亲的脸上。当走过窗下时达尔文看见爱玛�