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但这种关系在弗洛伊德的精神和意识中始终留下很深的痕迹，以致当弗洛伊德在十七岁到曼彻斯特与约翰和保莲重逢时，他甚至产生了一种奇特的幻想——把保莲当成他迷恋中的弗莱堡少女吉夏拉的化身；此后，当弗洛伊德学会进行精神分析的时候，他就越来越多地发掘出深藏于自己的潜意识中的幼年生活经历，其中就包括他同约翰、保莲、吉夏拉的亲密来往。在弗洛伊德看来，他在幼年时期同约翰等人的关系早就无意识地和牢固地深藏在他的潜意识中，所以当他进行自我精神分析的时候，所有这些刻印在潜意识中的童年印象都可以一个一个地浮现出来。不仅如此，据弗洛伊德说，这些关系还对弗洛伊德今后的性格、爱好产生重要的影响。他在谈到同约翰的关系时说：“直到我三岁为止，我们之间建立了不可分割的联系。我们曾经互相爱慕又互相打斗；而这种童年时期的关系……对我以后同我的同龄人的全部关系产生了决定性的影响……当他粗暴地对待我的时候，我就一定表现出勇敢的精神对付我的压迫者。”接着，他又说：“在我的感情生活中，始终都存在着某一个亲密的朋友和某一个仇敌；我始终都可以重新创造这些关系，而且，我的童年时代的上述典型关系也往往如此完整地再现出来，以致任何一个同样的个人都可以同时成为我的朋友和敌人，就象我同约翰的关系那样。”因此，弗洛伊德认为，任何一个他所认识的人，在表现他同弗洛伊德的关系方面，都可以“互相替代”（以上引文均见弗洛伊德著《梦的解析》），而这一切都可以在他同约翰的关系的原型中找到端倪。
当弗洛伊德十七岁到英国重见约翰和保莲的时候，禁不住回想起以往的一切旧事。弗洛伊德进一步加深了他对自己的异母哥哥伊曼努尔的感情。伊曼努尔写信给他爸爸说，弗洛伊德在英国时表现了令人敬佩的气质和风度。而且，伊曼努尔还说，弗洛伊德在这次访问时也进一步加强了他对英国近代革命的领导人奥利沃·克伦威尔（1599—1658）的敬仰。弗洛伊德对克伦威尔的反复赞颂，给伊曼努尔留下很深的影响，以致在那以后当伊曼努尔决定给自己的一个孩子取名的时候，竟毫不犹疑地选上了“克伦威尔”这个名字。弗洛伊德自己，在以后的生活历程中，还经常幻想自己是伊曼努尔的儿子。他想：如果真是这样的话，他的生活可能会更加顺利些。当然，这仅仅是幻想而已。
弗洛伊德这次赴英旅行是在大学二年级后的暑假期内进行的。当时，弗洛伊德已经在学业上表现出高度的独立性。他不满足于一般二年级学生的学习深度和广度，决心给自己提出更高的要求。在第四学期时，他决定去听为动物学专业开设的动物学课程，而不满足于听为医学专业开设的动物学课。所以，他的动物学课程比医学专业的动物学课程多出很多分量。他要用每周十五小时的时间上动物课。他还听两个班级的物理学课，比他的同班同学的物理学课时多一倍。同时，他又用每周十一小时的时间学布吕克教授的生理学课。
从二年级暑期开始，他更突出地爱好生物学。当时，他已经用每周十小时的时间在克劳斯教授的实验室里作实验。除此以外的所有时间，他都花费在解剖学和生理学上面。但即使是在如此紧张的时刻，他也仍然坚持每周一次参加布连坦诺的哲学讲座。
一八七六年三月，当他已是二年级大学生的时候，他开始进行一系列基础研究活动。这是由克劳斯教授提议和安排的。
卡尔·克劳斯教授是在一八七四年由德国哥丁根大学来到维也纳大学的。他是肩负着使维也纳大学动物学专业赶上最先进水平的任务而来的。克劳斯特别对海洋动物学有较深的研究。一八七五年他同意在的里雅斯特建立一所动物实验站，这是全世界第一所动物实验室。根据他的提议，每年要从维也纳大学选派一些优秀的学生到该实验站实习两次，每次实习的时间是好几周。一八七六年三月，在他所批准的第一批前往实习的优等生中，就有弗洛伊德。为了进行这次实验，弗洛伊德还必须到亚德里亚海滨去作一次有趣的科学考察。就在这次考察中，弗洛伊德有生以来第一次亲眼看到了欧洲南部的古老文化成果，他顺便在那里搜集了一些古董。这也可以说是弗洛伊德终生不停地搜集古董的一个开端。
在他两次赴的里雅斯特实验站中间，他在课堂上把注意力集中地指向生物学。他用每周十五小时的时间上动物学，而只用剩余的十一小时时间去上别的课程。此外，他还要上三小时的布连坦诺哲学课。当时布连坦诺讲授的亚里士多德哲学已经开始触及到亚里士多德的逻辑学部分。
在这时候，弗洛伊德开始进入布吕克教授开设的生理研究室。这在弗洛伊德的科学研究生涯中是具有重大意义的事件。我们将会看到，弗洛伊德的科学事业正是从研究一般动物的生理机能和神经系统开始的。所以，他对人类的精神活动的深刻分析是建立在极其牢靠的研究基础上的。正是在布吕克生理研究室，他结识了艾克斯纳和弗莱舍尔，这两位青年生理学家是布吕克的助手，也是弗洛伊德的同事和亲密朋友。
除此之外，弗洛伊德还要拿出一点时间去上光谱分析课和植物生理课。
当时，弗洛伊德所要研究的课题是自亚里士多德以来始终没有解决的生理学难题，鳝鱼的生殖腺的结构始终是一个谜。正如他在他的论文中说的：“尽管经历了多少个世纪，没有一个人发现过哪怕是一条性成熟了的公鳝鱼，也没有一个人见过鳝鱼的睾丸。”关键就在于在鳝鱼的交配期到来以前，鳝鱼总是进行特别的移栖。弗洛伊德在实验室里进行了多次实验，解剖了四百多条鳝鱼，在显微镜下发现了一种小叶状的生殖腺结构。他认为这就是鳝鱼的未成熟的睾丸。虽然这一发现尚待进一步确证，但它向解决问题的方向迈进了一大步。
在当时的条件下，没有一个人能作出比这更多的和更深的成果。但年轻的弗洛伊德却有解决这类难题的雄心壮志。
到大学三年级结束时，弗洛伊德总结了三年学习生活说：“经过大学头三年的学习，我发现由于我的天赋能力的特殊性和局限性，我将不能在我年轻时所热衷的那些科学领域中取得成功。……我终于在布吕克的生理实验室找到归宿，获得满足。同时，我也在那里找到我所尊敬而以之为模范的人物，即伟大的布吕克本人及他的助手西格蒙特·艾克斯纳和厄纳士特·冯·弗莱斯尔·马兹科。”接着，弗洛伊德说：“布吕克把一项神经系统组织学问题交给我研究，我很圆满地解决了那个问题。由于对布吕克很满意，同时也为了我自己着想，我就更进一步的探索下去。”
布吕克教授一直是弗洛伊德效法的榜样。他是一位德国人，而不是一位奥地利人。因此，在他身上体现了德意志民族的那种优点：踏踏实实、矢志不移。弗洛伊德慢慢地为布吕克的品质所感染，使他日愈具备着攀登科学顶峰的人们所必须有的那些优秀品质。
布吕克的研究室实际上是享有世界声誉的赫尔姆霍兹医学院的一部分，是全德国唯一最有威望的医学院。而且，它也确实解决了一系列生理学和医学上的难题。
布吕克教授在一八七四年发表了《生理学讲义》一书，在这本书的导言中说：“生理学就是有机体本身的科学。有机体同无生命的但能活动的物体——机器的区别就在于它有同化的能力，但这种能力实际上是整个物质世界所共有的现象。原子系统是通过力运动的，而力的运动是依据由罗伯特·迈尔在一八四二年发现，然后又由赫尔姆霍兹加以推广的能量守恒定律的。力的总和（运动的力和潜在的力）在每一个独立的体系中始终都保持固定。真正的原因就是科学上加以形象化的所谓‘力’。我们关于‘力’知道得越少，我们所加以区分的‘力’的类型就越多：机械力、电力、磁力、光、热等。知识的发展最后把力归结为两种——吸引和排斥。所有这些也同样适用于作为有机体的人。”
布吕克的这段话乃是弗洛伊德从事生理学研究工作的指导思想。显然，依据这样的认识，似乎一切有机物和有生命的物体的活动都可以归结为“力的吸引和排斥”，这是一种机械唯物主义的观点。在十九世纪七十年代，这种观点充斥于科学界，同样也影响着弗洛伊德的科学研究工作。直到一九二六年，弗洛伊德在谈到精神分析学的动力学内容时还说：“力相互支持或相互阻止，相互联系或相互协调，如此等等。”
本书第二章末曾引用弗洛伊德在《自传》中的一段话，表示“当时最热门的达尔文进化论”如何“深深地吸引着”弗洛伊德，使他毅然决然地放弃从政的愿望而选择医学这一行。如今，弗洛伊德经过了近三年的医学和生物学研究，更加深深地迷恋达尔文的进化论。须知，达尔文的进化论是弗洛伊德此后奠定精神分析学的导思想之一。而赫尔姆霍兹等人的机械唯物论思想同达尔文的进化论思想相融合，就成了弗洛伊德青年时代的一个重要思想支柱。
达尔文（1809—1882）出生在一位医生家庭，他和弗洛伊德一样在大学的最初两年是在医学系（英国爱丁堡大学医学系）度过的。但后来达尔文依照他父亲的愿望而转入剑桥大学神学系。但是作为一位科学家，达尔文的真正学校不是大学，而是在“贝格尔号舰”上的五年（1831—1836）的环球旅行。在这次旅行的归途，他全面研究了物种起源问题。
当时在生物学中占统治地位的是关于造物主“创造行动”的宗教唯心主义观念以及林奈（1707—1778）和居维叶（1769一1832）关于生物界的“物种永恒性和不变性”的形而上学学说。有许多科学家不顾自然科学中积累起来的事实材料，拒绝作出关于有机体形态能源一致和有规律发展的结论。有许多科学家错误地认为，现在居住在地球上的千百万种不同生物形态中的每一种都是个别地和孤立地发生的，与其他的物种完全不相依赖。正是在这样的基地上，达尔文在一八五九年十一月二十四日发表了著名的《物种起源》（该书全名为《通过自然选择的物种起源，或在生存斗争中优种被保存》）。这时候，弗洛伊德刚刚三岁半，但是，当弗洛伊德于七十年代初进入维也纳大学的时候，达尔文在这本著作中所阐述的伟大学说已经牢牢地统治着整个生物学界。
在这一著作中，达尔文证明，植物和动物的种不是永恒的，而是变异的；现今存在的种是逐渐地通过自然的途径从其他早先存在的种当中产生出来的，而不是什么神秘的“创造行动”或突然变化的结果。
达尔文的观点以无可辩驳的逻辑力量迅速地战胜了一切关于物种不变的无稽之谈。他的学说使弗洛伊德牢固地树立了关于有机体有规律发展的观点。正是由此出发，弗洛伊德坚决地认为人的精神活动是有规律的——就连“梦”这样一种表面上极其紊乱或虚幻的精神现象也是有规律可循的。
当然，达尔文的学说中也包含着某些局限性，而且这些局限性也同样影响了弗洛伊德。
达尔文的学说的缺点集中地表现在他所说的一句格言中：“自然界没有飞跃”。这句话显然是与他的物种通过自然选择而发展的学说相矛盾的。在这种片面观点的影响下，弗洛伊德也同样没能正确地说明人的精神活动的本质变化关系。
不仅如此，弗洛伊德所处的学习环境也使他进一步加强了来自达尔文的消极影响。弗洛伊德从一八七六年起入布吕克教授的生理学研究室和克劳斯教授的实验室。而这两位教授都深受罗伯特·迈尔和赫尔曼·赫尔姆霍兹的机械唯物论的影响。
弗洛伊德的老师布吕克忠实地继承赫尔姆霍兹的论点。布吕克虽然身材矮小，但他有伟大而灵活的头脑，走起路来总是很稳重，同他的严谨的治学精神简直是非常协调。弗洛伊德说，他有一双“透蓝的眼睛”，很怕羞，不太爱说话。他是一位基督教的新教徒，讲起话来普鲁士的口音很重。所以，他在到处充塞着天主教徒的维也纳是很容易被人发现的。因为他和那些虔诚的天主教徒不一样，他只尊重科学和事实，不承认其他的“权威”。有一次，他的一位学生在自己的论文中写道；“皮毛的观察表明……”。布吕克看到这一句话，便在下面重重地打上一个叉，并在旁