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清军进军广西时，多次调令尚之信出兵参战，尚之信不听调遣。巡抚金儁与都统王国栋等上疏劾尚之信“犹有异志”，密谋杀之信。康熙帝下诏逮捕尚之信审讯。一六八○年七月间被处死。耿精忠降清后，部下参领徐鸿弼告耿精忠尚蓄逆谋。杰书请斩耿精忠。康熙帝以为，各地军兵正在受抚投降，不宜骤诛精忠，宜令自请来京师，以便妥贴处置。一六八○年，耿精忠到京师入觐，康熙帝令法司拘捕审讯。一六八一年吴世О芎螅文辏⒕壹安拷缘炔⒋λ馈�
自一六七三年吴三桂起兵以来，战争先后延续了八年之久，波及十几个省区，清朝丧失莫洛以下将领多人，调动的绿旗兵即有四十万众。各地区连年战乱，民不聊生。清朝遭受的打击是沉重的。战争的发展，基于明朝旧将与清朝的矛盾。但战争的发难者吴三桂并无任何政治威望。他的仓促起兵只是由于藩王地位不保，意在割据称王，也并无远大的计划。各地将官分散作战，既缺乏清朝那样的严密的军事政治组织，又缺乏胜任的领导者，失败是不可免的。但是，清朝赢得这场战争，也并非轻而易举。康熙帝并不讳言这场战争的艰难，说“劳师动众，兵民困苦已极。若以为摧枯拉朽，容易成功，则辞过其实。”（《清圣祖实录》卷九十九）战争过后，康熙帝命行告祭礼，与民更始。群臣请上尊号，以彰皇帝功德。康熙帝不允，说当初朕决意撤藩，以致吴三桂背叛。现在幸得歼灭。倘再延数年，朕决意迁撤之举，将何以自解？又说：“不图吴三桂背恩反叛，天下骚动，伪檄一传，四方响应。八年之间，兵民交困”，“议事之人，至今尚多，试问当日曾有言吴三桂必反者否？”（《圣祖实录》卷九十九）清朝平乱得胜之后，康熙帝仍然认为战乱的爆发原来出乎意料，对当年仓促撤藩犹存悔意。昭梿《啸亭杂录》记此事说康熙帝预见吴三桂必反，故先发制之，显然并不可信。但是，这场意外的长期战乱，却也使清朝经受了严峻的考验。年轻的康熙帝亲政不久，即领导了这场艰难的大战，并且终于取得了胜利。这使他在满汉臣僚中的威望大为提高。康熙帝的统治更加巩固了。
五、台湾郑氏的降附
一六七七年冬，郑经退守厦门。次年又连续出兵攻占沿海十余城堡。一六七九年又派部将刘国轩等人分路进军，六月攻占海澄，消灭清军三万余人，并占领长泰、同安、惠安、平和等县。刘国轩领兵围漳州，遣别部围泉州，与清军相持。一六八○年三月，清军聚水师来攻，刘国轩退走厦门。清军攻下厦门，郑经率师退回台湾。次年正月，在台湾病死，年三十九岁。郑经继承父志，奉南明永历年号，是南明将领中坚持抗清的最后一人。郑经死后，后嗣又起纠纷。长子郑克被侍卫冯锡范等杀死，立次子克塽袭延平王。清朝得郑经死讯，六月间即分派绿旗舟师，规取澎猢、台湾。福建总督姚启圣与内阁学士李光地奏请起用施琅，攻取台湾。施琅原是郑成功的部将，于一六五一年（顺治八年）降清，官至福建水师提督。一六六七年调京师任内大臣。康熙帝对施琅进行了长期的考察，一六八一年十月，再次起用他为福建水师提督，协同进取。一六八二年，户部尚书梁清标疏请缓征台湾。施琅奏称：“臣于水师营 中，简选精兵二万余，战船三百艘，已足破灭海寇。请令督抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼”（《圣祖实录》卷一○五）。台湾刘国轩率二万人踞守澎湖，沿岸筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒。一六八三年六月，施琅率领战船出征，百船分列东西，自督五十六船分八队进兵。经过海上激战，全歼郑氏水师，占领澎湖，刘国轩败走台湾。七月，康熙帝下令招抚台湾军民，如能投诚，既往不咎，“仍从优议叙，加恩安插，务令得所。”（《圣祖实录》卷一一一）台湾掌握兵权的刘国轩“率先”倡议降清，得到冯锡范等人附议，于是遣使议降。郑克塽在降表中说，“昔也威未见德，无怪鸟骇于虞机；今者误已知迷，敢后麟游于仁圃。”（江日昇《台湾外记》卷十）八月，施琅统兵入鹿耳门，进驻台湾。郑克塽剃发出迎，交出延平王金印。郑克塽等往北京朝见，受封为公爵，刘国轩、冯锡范为伯爵，俱隶上三旗。
一六八三年底，康熙帝遣侍郎苏拜等至福建，与督抚议善后事宜。有人主张迁其人，弃其地。施琅上疏反对说：“台湾一地，虽属外岛，实关四省（江、浙、闽、粤）之要害”。“断断乎其不可弃。”倘若外国乘机占据，“沿海诸省，断难晏然无虞”。（施琅《靖海纪事》下卷《恭陈台湾弃留疏》）康熙帝与议政王大臣等反复商议，决定在台湾设府，由福建省管辖。台湾府下设台湾、诸罗、凤山三县，派兵驻守。郑成功父子在台湾经营二十二年，开发农田，开展海外贸易，台湾经济得到发展。此后，台湾府归于清朝统治，直属于福建。
（四）汉人文士的任用与康熙帝南巡
康熙帝除鳌拜后，即锐意改变辅政时期的排汉政策，以消除满汉官员间日益严重的矛盾。但由于仓促撤藩而导致了矛盾的大爆发，形成八年的战乱。康熙帝从吴三桂发动的战乱中得到的经验是：必须争取汉人特别是江南汉人的支持，才能以巩固清朝的统治。战争后期和战争之后，康熙帝多方面招任汉人官员文士。江南士人经由各种途径，大批进入清朝政权，侪于统治集团的行列。
征招博学鸿儒 康熙十七年（一六七八年）正月，康熙帝对吴三桂作战取得决定性胜利时，颁发诏书，征招“博学鸿儒”，令在京官员和各省督抚举荐有声望的儒生文士来京。次年（己未年）三月，各地荐举的文士一百四十三人，在体仁殿考试词赋，后世称为“己未词科”。应试前先由康熙帝赐宴，给卷作诗二十韵。取名士彭孙遹、朱彝尊、汤斌、汪琬等五十余人（一等二十人，二等三十人），俱入翰林院。原已有官品者授侍读、侍讲，曾中进士者授编修，生员以上授检讨。被举荐到京没有入试的，也授职放还。考试不完卷者也予入等。取录的五十名中，顺天直隶人六名、山东、河南、陕西各一名，其余均为江南（包括浙江、江西）名士。入翰林院的文士俱受命纂修明史。这次“博学鸿儒”科，显然不同于一般的科举考试，而是旨在招揽南方士人，以消除反抗力量。己未开科正是吴三桂称帝病死的第二年。吴三桂建号周国，放下了兴明的旗帜。康熙帝招揽儒士，纂修明史，以表明继承明朝的正统，江南文士越来越多地投服于清朝。
康熙帝南巡台湾郑氏降附，战争全部结束之后，一六八四年康熙帝亲自到山东和江南巡视，称为“南巡”。九月，诏渝户部说：“朕此番巡历，原以抚恤编氓，问俗观风。”这所谓“问俗观风”，即了解江南的风土人情，“抚恤编氓”则是此行的政治目的，即安抚南方的汉族人民。康熙帝在九月末出行，十月至济南。孔子后裔衍圣公孔毓析率子孙迎驾。至泰安州，登泰山，祭东岳庙。康熙帝手书“普照乾坤”四字，在孔子登泰山而小天下处建亭悬额。经宿迁至桃源县。巡视黄河北岸治河工程。再由水路经淮安、高邮、扬州至镇江，登金山、焦山。过常州，无锡至苏州府城。苏州是明代著名的繁华城市。康熙帝对待臣说：“向闻吴间繁盛，今观其风土，大略尚虚华，安佚乐，逐末者众，力田者寡。”所谓“逐末”当指工商业的繁盛，为北方所不及。十一月初，康熙帝至江宁府城。遣内阁学士席尔达祭明太祖陵，并亲自往明太祖陵拜奠。诏谕江南、江西总督、江苏巡抚说：“明太祖天资英武，敷政仁明，芟刈群雄，混一区字，肇造基业，功德并隆”，令地方各官对明陵不时 巡察，守陵人用心防护，不准附近旗丁居民践踏。每年举行春秋二祭，“以副朕崇重古帝王陵寝之至意”（《圣祖实录》卷一一七）。康熙帝自江宁回銮，归途在曲阜停留，祭孔子庙，行三跪九叩礼，自制祝文说：“先师德侔元化，圣集大成，开万世之文明，树百王之仪范”（同上书）。又亲书“万世师表”匾额，悬挂于大成殿上。康熙帝祭明太祖陵，以示崇重前朝，旨在消除明遗民的敌对情绪。祭孔子庙，以示对汉文化的尊重，旨在争取汉民众的拥戴。康熙帝巡行沿途需用之物，均由内务府供备，不取民间，不准地方官员借端妄派。褒奖江宁知府于成龙为官廉洁，擢任安徽按察使。斥责漕运总督满人邵甘居官不谨，令至京候旨。康熙帝的这些举动，为缓和满汉之间的矛盾取得了一定的成效。
汉人文士的倚用康熙帝在战乱的年代，锐意任用汉人文士。熊赐履以翰林院掌院学士进为经筵讲官，为康熙帝讲儒学。吴三桂乱起后，一六七五年，超授熊赐履为武英殿大学士兼刑部尚书。次年因票拟错误夺官。一六八四年，康熙帝南巡至江宁召见熊赐履，一六八八年又起用为礼部尚书。顺治时的老儒魏象枢，一六七四年官至户部侍郎，一六七八年授左都御史。博学鸿儒考试一等的汤斌（河南睢州人）授翰林院侍讲，一六八一年任日讲起居注官，转侍郎，次年为《明史》总裁官，一六八四年擢任内阁学士，出任江宁巡抚，在江宁迎接康熙帝南巡。在此前后，康熙帝还先后擢任徐乾学、徐元文、王鸿绪、韩菼翁、叔元、彭孙遹等江南名士入内阁或翰林院。他们都曾在顺冶十八年的“江南奏销案”中被褫革削籍。此时或任内阁学士、或授侍郎、尚书，参预朝政。一六八五年，康熙帝召试翰林院、詹事府（原为太子东宫属官，顺治时裁撤，康熙十四年复置，掌经史文章之事）等文臣，徐乾学考试第一，韩菼第二，受诏褒奖。徐乾学擢任内阁学士（例推巡抚），名振一时。
康熙帝自幼习汉文化，战争期间仍不断研读儒家经书，命内阁、翰林院文臣充日讲官。康熙帝也自己讲解朱熹注，与讲官议论。一六七七年，他自著《日讲四书讲义序》，说“万世道统之传，即万世治统之所系也，”“道统在是，治统亦在是”。显然，康熙帝研习儒学，目的在于了解汉人的统治方法，充任日讲官的文臣也参与议论政事。皇宫乾清门右阶下设南书房，选择文臣入值，日侍皇帝左右。翰林院侍读学士、江南桐城人张英受命入值，赐第西安门内。文臣得居禁城之内，为前此所未有。大臣明珠举荐浙江钱塘文士高士奇为詹事府录事，迁内阁中书，也赐居西安门内入值。入值南书房的文臣不仅为康熙帝日讲经书，议论诗文，而且备康熙帝顾问，代拟密谕。康熙十七年闰三月，奉召入值的翰林院掌院学士陈廷敬（山西泽州人）记他的见闻说：“张君敦复（张英字），一日之中恒在上前，暂迟辄复宣召。或当食吐哺，疾趋宫门。漏下十许刻乃归。日夜无暇晷矣。窃计敦复立朝之日多，家食之日少。”（《午亭文集》卷三八）张英、高士奇实际上成为康熙帝倚信的左右手，参预政议。徐乾学摧任内阁学士，也入值南书房，为康熙帝所倚用。吴三桂乱后，汉人武将反清遭到失败，汉人文臣却在此时进入了统治集团的核心。康熙帝利用传统的儒术去征服汉族的臣民，汉族的封建文化也在征服满族的康熙帝。
第二节 封建统治制度的确立
康熙帝击败了汉族武将的反抗，又争取到汉族文士的支持。一六八四年，康熙帝南巡以后，清朝统冶区内开始呈现出稳定的局面。从一六四四年多尔衮 领兵入关到这时已经四十年了。在这四十年间，清朝经过与被统治民族汉族的反复斗争，终于取得了胜利，巩固了它的统治。在这四十年间，清朝也不能不从实践中逐步地放弃满族传统的奴隶制转而接受汉族的封建制度和汉族传统的封建文明。虽然传统的奴隶制残余，仍在某些方面继续存在影响。但是，清朝已是作为一个封建王朝，奠定了它对全中国的统治。
一六九○年（康熙二十九年），《会典》修成，基本上记录了康熙二十五年时确立的各项封建统治制度，下面分别叙述清朝此时建立的政治、军事、经济各项制度和措施。
（一）政治、军事制度
康熙帝除鳌拜后，陆续改订政治制度。“三藩”战后，政治制度渐致完备，军事制度则作了较多的改革。
一、中央官制
国家机构继续实行年阁制，下设六部及理藩院。另设翰林院主管文事。皇族及宫廷事务设置专门机构掌理。
内阁 一六七○年，恢复内阁，职权又有所加强。内阁设大学士（无定员，经常为满汉各二人），