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阿含经》受到了近代学界和教界的重视，并有了“根本佛教”之称。
《阿含经》中的阿赖耶识思想主要体现在十二缘起和十八界的教义中。通过考察十二缘起和十八界的教义，我们发现有一个除前六识外另存在的心识，这个另存在的心识和唯识学上的阿赖耶识有什么关系呢？
1、十二缘起与阿赖耶识
阿含最根本的教义是十二缘起说，如果要从阿含经典里找出唯识学中阿赖耶识的思想，虽然可以从多方面加以考察，但主要的着眼点还在十二缘起，因为大乘唯识学一些论典中，就有以十二缘起中的识支来证明阿赖耶识的存在。《显扬圣教论》引缘起支中的识支来证明阿赖耶，如论卷一说：
云何知有此识？如薄伽梵说：无明所覆，爱结所系，愚夫感得有识之身。此言显有异熟阿赖耶识。又说：如五种子，此则名为有取之识。此言显有一切种子阿赖耶识。10陶静《成唯识论》中亦以名色与识互为依来证明阿赖耶识，论曰：“又契经言：识缘名色名色缘识，如是二法辗转相依，譬如芦束俱时而转。若无此识彼识自体不应有故 。”11实际上在《阿含经》中只承认前六识，而不承认有阿赖耶识的。但具体分析十二缘起中的识支，我们发现其中的识支决不是前六识所能承当的，它和阿赖耶识存在着千丝万缕的关系。首先，从名色与识支的关系上分析，第四支“名色”支中的“名”是指受、想、行、识四蕴，这第四支中所含之“识蕴”与和第三支中的“识”到底是什么关系？这是一个问题，如果说“识缘名色”中的识还是指意识的话，那人的身心中就有二意识，但是这里的二识绝不能认为是同一个识，因为此中的识与名色的关系是更互为缘，是同时相依共存的，如《杂阿含经》（卷十二？二八八经），曾用束芦作喻，来说明它们的相互依存：
譬如三芦立于空地，辗转相依而得竖立。若去其一，二亦不成立；若去其二，一亦不立；辗转相依而得竖立。识缘名色，亦复如是，辗转相依而得生长。12
同一个识绝不能说更互为缘，所以此中二识不是指同一识；同时，前六识是有间断的，而识与名色更互为缘的识却明显具有执持根身之用。所以，如果站在声闻乘六识论的立场，对于这些问题是很难自圆其说的；其次，从十二缘起中“识”支是指入胎识考察。《长阿含经》卷十《大缘方便经》中说：
阿难！缘识有名色，此为何义？若识不入母胎者，有名色否？答曰：无也。若识入胎不出者，有名色否？答曰：无也。若识出胎，婴孩坏败，名色得增长否？答曰：无也。阿难！我以是缘，知名色由识，缘识有名色。我所说者，义在于此。阿难！缘名色有识，此为何义？若识不住名色，则识无住处，宁有生老病死忧悲苦恼不？答曰：无也。阿难！若无名色，宁有识不？答曰：无也。阿难！我以此缘，知识由名色，缘名色有识。我所说者，义在于此。13
这段经文，说明了胎儿的形成必须有“识”入母胎，这入母胎的“识”一般称为“入胎识”，这“入胎识”指的是什么呢？是十二缘起支中的第三“识”支，当父母结合时，主体的心识，由于业力的牵引，于一刹那投入母胎，吸取父精母血，使生命增长广大起来，以至成人。《阿含经》中这一入胎识的胜用，前六识很显然不具备。但在大乘唯识学上的阿赖耶识却具有此用，根据大乘唯识学的观点，有情从一生命的终结到下一期生命的开始，中间是“中有”阶段，在“中有”中存在的第八阿赖耶识可以进入另一个躯体，吸取父精母血，也即是识与名色的结合，这样胎儿便可以成熟、增长，形成一期的生命。
由以上两点可以看出，《阿含经》中虽然没有说到阿赖耶识，但十二缘起中的识与名色互为缘的关系显示出了在六识外另有一个心识存在，而且，从识是“入胎识”这一功用来看，显然和赖耶的功用相同。故而十二缘起的第三“识”支在后来的唯识家看来，它指的是阿赖耶识。
2、十八界与阿赖耶识
所谓十八界是把宇宙间一切存在物分为十八类。其名目为：眼界、色界、眼识界、耳界、声界、耳识界、鼻界、香界、鼻识界、舌界、味界、舌识界、身界、触界、身识界、意界、法界、意识界。
这十八界事实上就是六根、六境和六识。界有差别、体性、原因等意义。十八界就是把宇宙诸法分析成这十八种要素；亦即是宇宙诸法是由根、境、识所构成的，而根境识三者各有六种，便成十八界。具体分析此十八界，我们不难发现在认识对象时，必须要有主观的认识工具——六根，与六根的对象六境，再加上对此作意，才会有眼等六识的认识作用产生，如此则成十八界。
在原始佛教中的十八界，与心识有关是眼、耳、鼻、舌、身、意的六识，这六识的生起是因为眼根触色境而生起眼的认识作用，乃至意根触法界而起意的认识作用。首先对眼识界至意识界的六识界作一考察。六识的识是认识作用，也是认识主体。譬如“缘眼（根）与色（境），而生眼识”的眼识，被认为是依眼而生的认识作用，但是“根、境、识三者和合就是触”的识，被认为是认识主体。所以对于六识界的界定是这样的：眼识界，作为视觉的认识主体的要素，或视觉的认识作用；耳识界，作为听觉的认识主体的要素，或听觉的认识作用；鼻识界，作为嗅觉的认识主体的要素，或嗅觉的认识作用；舌识界，作为味觉的认识主体的要素，或味觉的认识作用；身识界，作为触觉的认识主体的要素，或触觉的认识作用；意识界，作为知觉的认识主体的要素，或知觉的认识作用。考察这六识，我们发现这里的六识确实是指前六识，并没有阿赖耶识的存在。
然而，如果探讨十八界中的意界和六识界的关系时，这其中就有问题出现了。因为如果把六根、六境的十二处当作一切法，那么十二处中的心就是意根。如果把十八界当作一切法，那么在十八界中属于心的就是意根界和六识界的七界。在十二处里，意根就是心的全部；但在十八界里，还要加上六识界。如果这样的话，十八界中的意根界便不能说是心的全部，这意根界和前六识是不尽相同的心识，这识应该指何识呢？这识所指在《阿含经》中没有回答，或者说根本用不着回答，但这说明了在六识之外还有另一个心识的存在。这种思想，到了部派佛教时期，就把它直接作为细心建立的圣教根据。因为六识所依六根，前五识所依的是色根，而意识所依的是心根，而这意识所依的心根，部派学者认定他就是六识外的细心。后代的大乘唯识者，以细心为赖耶，所以我们不能不说阿赖耶识思想，与《阿含经》中的十八界有着非常深切的关系。14
通过以上对《阿含经》中十二缘起和十八界教义的考察，我们发现这些教义都暗含着在六识之外有另一个心识存在，这个除六识之外另存在的心识指的是什么呢？在《阿含经》中并未作说明，但后来的唯识学者则认为此另存在的心识就是指阿赖耶识。当然，如果从实际来看，应该说在《阿含经》中还没有提到除六识外另有一个心识存在，更别说阿赖耶识的存在。但是其教义所显却确实有除六识外另存在的一个心识，且此心识的功能，在唯识学上的阿赖耶识同样具有，从这点上来看，我们可以说《阿含经》十二缘起和十八界的教义中含有阿赖耶识的思想。
（二）部派佛教中的赖耶思想
所谓部派佛教，据《大毗婆沙论》、《异部宗轮论》等载，佛陀入灭后百余年，因大天比丘高唱“大天五事”，要求教团承认，教团遂首度分裂为反对派之上座部与赞成派之大众部，而后再分裂达二十部之多，佛教史上把这分裂了的各教团派别总称为部派佛教。
在部派佛教中，与唯识学上阿赖耶识关系非常密切的是各部派所建立的轮回识体。部派佛教之所以要建立一个轮回的主体，是由于在弘扬阿含教义的过程中，发现其中缘起无我的轮回观实在深奥难以通达。因为照一般众生的理解，所谓轮回就是有一个实在的自我，也即是灵魂在生死中流转，从而构成生命的不息。如《奥义书》中认为，一个人的灵魂（我）在死后可以在另一个躯壳中转生，转生的形态取决于他生前的行为（业），行善者得善报，行恶者得恶报，有的可以进入天道、祖道（人间），有的则堕落入兽道，沦为畜生等。再如婆罗门教，他们也是以灵魂来建立生死的轮回，而在《阿含经》中是不承认有一个常存不变的自我去受轮回。佛陀说“诸行无常、诸法无我”，世间万法都在瞬息万变，根本就没有一个常存不变的自我存在，既然没有一个常存的自我，便不能以它来作为轮回的主体。这样的理论，对大多数众生来说，是不能理解的，因为众生各各造业，各各依此受报，种善业得善果，种恶业得恶果。但既然是无我，则受轮回的是谁？且各人所造的业如何能保证是自作自受，而不会是他作他受？再者于生灭无常的假我上，善恶业以何种形式保存下来？这些问题给无我而轮回的理论造成了极大的冲击，作为佛弟子们便不得不思考这些问题。
部派佛教的学者主要通过探索有情的深层意识结构找出了一个生命轮回的识体，力图解决以上问题，使人信受这种生死相续的轮回而又无我的观点。具体说来，主要有犊子部的补特伽罗说、化地部的穷生死蕴说、上座部和分别说系的有分识说、大众部的根本识说。
1、犊子部的补特伽罗
首先建立轮回主体的是犊子部。犊子部是佛灭三百年左右，由说一切有部分出的部派。其后由此部分出法上部、贤胄部、正量部、密林山部等四部。依众生一般的思维而言，无我就不能说轮回，轮回就不能说无我，既说轮回又说无我，为什么？这个问题实在有加以回答的必要。
犊子部和他的支派都建立了不可说的补特伽罗来回答这个问题，他认为心心所是刹那生灭的；色法的根身，在相当时间，虽不灭而暂时地安住，但终于随一期生命的结束而宣告坏灭，有情的色心没有一法可从前世到后世。犊子部的学者认为，在色心处，有一个不可说的补特伽罗，贯通三世，生命之所以轮回不已，就是由于这个不可说我。如《俱舍论》卷三十《破我品》说：
若定无有补特伽罗，为说阿谁流转生死？……若一切类我体都无，刹那灭心于曾所受久相似境，何能忆知？……若实无我，业已灭坏，云何复能生未来果？15
《异部宗轮论》也说：“其犊子部本宗同义……诸法若离补特伽罗，无从前世转至后世，依补特伽罗，可说有移转。”16犊子部所建立轮回主体的不可说补特伽罗，与《奥义书》所说的我并不相同。《奥义书》所主张的“我”是创造宇宙，或谓“我”是个人我（小我），同时亦是宇宙中心原理之大我（梵语Brahman，意谓宇宙原理），与“我”乃为一体、同一。更进一步主张唯“我”方为真之实在，余皆虚幻。而犊子部的不可说补特伽罗，是非与平常所说五蕴同一的东西，又非是在平常五蕴之外所独立的东西，它非假非实、非有为、非无为、非常、非无常、非离蕴、非即蕴，只可以说是不可说我，如此则解决了轮回与无我的矛盾，而且也解决了外道神我论者的问难。
此不可说补特伽罗不仅是轮回的主体，同时也是记忆的保持者，如《大毗婆沙论》卷十一言：“犊子部说，我许有我，可能忆念本所作事，先自领纳今自忆故。”17从犊子部所立之不可说补特伽罗具有的这二种功能性质看，与后来唯识学上的阿赖耶识有异曲同工之处。瑜伽行派的阿赖耶识，也在说明它是随众生的业力而去感果的轮回主体；同时，因为阿赖耶识有执持种子的功能，所以能保持过去的经验并且明记不忘。由此可见，犊子部所立的不可说补特伽罗与唯识学上的阿赖耶识，在作为轮回主体和保持记忆这两种功能上意趣是一致的。2、化地部的穷生死蕴
这种由犊子部率先提出的不可说补特伽罗，一开始便受到佛教各派的抨击，虽然如此，却开始影响到各个部派佛教，也暗地里建立出种种变相地带有“我”的含义的学说，如化地部的穷生死蕴。
此穷生死蕴，见于《摄大乘论》和《成唯识论》，因为在汉译的小乘论典和《异部宗轮论》里并没有这一说法。玄奘所译《摄大乘论》说：“化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。”18《成唯识论演秘》第三卷�